"Has John finished the job " "No,and it ( ) tow hours ago."

对的,这里是一个虚拟语气,表示“本应该”的意思.
再问： 是不是只有完成时才能表示“本应该”的意思
再答： have done 本来就是一个完成时，Have been就是have done 的结构呀。 should have done本来也就是表示"本应该“的意思
再问： 请问，这道题算虚拟与其中的哪一种呢。是与过去事实相反还是现在事实相反呢？ 不同类型的虚拟语气不是有固定的结构吗
再答： 这个是属于与过去的事实相反的，就是他在两个小时之前本该就完成这个工作的，可是实际上没有。你说的有一定结构是指在主从句中体现的，而你给的例子并非主从句的一个模版