What caused the accident was/were the stones on the road.

不严格的讲,都对.
主语从句通常谓语动词用单数.但在口语中,可以根据表语的数来推断主语从句所指的是单数还是复数.
所以,非要选一个的话,就选were.
但并非一楼所说的倒装句,而是通过表语判断主语的数,主语还是what引导的从句