三垟湿地被开发农用已有数世纪.目前陆域面积占区域总面积的70.9％,水域面积仅占区域总面积的29.1%.陆域的47％为人工栽种的瓯柑,15.2%为城镇建设用地,其他农业用地、撂荒地、水塘等占37.8％.水域中50％以上的区域设有养鱼的网箱.
区域自然植被以及各种生物种类较为单一,生物多样性水平较低.全年共记录的高等植物有150余种,其种40％为栽培物种,野生种类则以禾本科、菊科、唇形科和蓼科杂草为主,基本没有湿地植物生长；鸟类30余种,鱼类10余种,而且基本上以人工放养的白鲢、鲤鱼为主.其他土壤动物、底栖动物以及昆虫等生物类群的种类、数量都为自然湿地的10～30％.
区域环境条件除大气、土壤质量目前尚好外,区域水环境质量严重受损,整体水质属于劣Ⅴ类,氮、磷、重金属等指标严重超标.其污染源主要为温瑞塘河河水的流入,以及区域中居民的生活污水和工业企业的生产废水的排放.
综上所述,由于长时期的垦植,三垟湿地是已基本丧失原始湿地属性的湿地生态系统.
