核小体定位与组蛋白甲基化的关系

你是大学生么,这个问题很容易理解.
1.首先你知道核小体中组蛋白是动态组装和解离的,不是一直在DNA上不变化的.
2.组蛋白的精氨酸和赖氨酸位点可以被甲基化,不同位点的甲基化对基因转录的调控作用不同,其中你说的H3K4me3表示H3组蛋白分子上的4号赖氨酸三甲基化,H3K4me3会促进基因的转录,但是其他位点的甲基化一般是抑制基因的转录.
所以两者不矛盾,启动子区的组蛋白的修饰作用是招募转录因子,而不是你单纯理解的多或者少的问题（这样看问题比较肤浅,不是组蛋白多就抑制转录,组蛋白少就激活转录）,组蛋白甲基化在promoter区作用可以是激活转录也可以抑制转录.
分子生物学你需要辩证动态的看待问题,没有绝对的0和1的关系,是矛盾的统一体.