贝加尔湖是世界最古老的湖泊之一,大约形成于2500万年前.最早生活在湖边的居民是什么人,现在无从探究.后人只能从他们留下的壁画等物来了解他们的生活方式.在湖岸的萨甘扎巴悬崖壁上刻着天鹅、鹿、狩猎台、跳舞的巫师等图画,这些图画在1881年被发现.另外,在湖岸上,沿着路边还建有许多石祭台.这些图画和祭台可能是早期居民的生活见证.
贝加尔湖最早出现在书面记载中是在公元前110年前,中国汉代的一个官员在其札记中称贝加尔湖为“北海”,这可能是贝加尔湖俄语名称的起源.关于贝加尔湖名称来源还有一种简单解释：土耳其族人称贝加尔湖为“富裕之湖”,土耳其族语“富裕之湖”逐渐演化成俄语的“贝加尔湖”.公元前6～前5世纪,突厥族库雷坎人从东方迁移至贝加尔湖边,他们在这里遇到了土著居民埃文基人（中国称鄂温克人）.埃文基人以捕鱼、采集野果和养鹿为生.13世纪,蒙古后裔布里亚特人也来到贝加尔湖地区.无论是突厥人还是布里亚特人都没能改变埃文基人的生活方式.3个世纪后,1643年,叶尼塞哥萨克库尔巴特·伊万诺夫来到贝加尔湖地区时,布里亚特人已经是贝加尔湖地区的“主人”了.
库尔巴特绘制了贝加尔湖及注入河流的平面图,这是历史上对贝加尔湖的第一次直观描述.不久后,大司祭阿瓦库姆在生活记录中也描述了贝加尔湖,1655年,他在流放途中经过了贝加尔湖的一些地方.1729年,彼得大帝派德国人达·梅塞施米特考察西伯利亚,他对贝加尔湖进行了第一次科学考察.20世纪初,学者们绘制出了贝加尔湖的第一张全图,并测量了湖深.1977年,苏联学者使用深水考察仪“派西斯”对贝加尔湖进行了考察,湖里的许多秘密在考察仪的探照灯下“曝光”了,此前一些被怀疑存在的东西也从黑暗的湖里“走”了出来,这件事当时轰动一时.迄今为止,没有仪器能探测贝加尔湖湖底,湖的最深处不是1637米,最深处目前还无法探测.
绝大多数科学家都认为贝加尔湖深处特有的动物残遗种约形成于三千万年前到两千万年前.绝大多数的湖泊,特别是冰河时期的湖泊,都形成于一万五千年前到一万年前.然后这些湖泊渐渐被沉积物填满,变成季节性沼泽、沼泽,最后彻底干涸.最近的研究表明贝加尔湖不是一个即将消失的湖泊,而是一个出于初始期的海洋.和非洲大陆以及南美大陆的地中海和红海一样,贝加尔湖的湖岸每年以两厘米的速度向两边拉开.贝加尔湖拥有作为许多海洋的典型特征——深不可测、巨大的库容、暗流、潮汐、强风暴、大浪、不断变大的裂谷、地磁异常等等.贝加尔洼地是不对称的,西部的坡面比东部更加陡峭.
每年贝加尔湖大约会发生两千次地震,其中大多数地震都比较小,只有通过地震仪才能探测到.每隔十年到十二年会发生一次五级到六级的大地震,每隔二十年到三十年会发生一次七级到九级的灾难性大地震,有时震级可能还会更高.1862年和1959年中部湖盆曾发生过两次大地震.1959年,9.5级的大地震使湖底下降了十五米到二十米.1962年10级的大地震使色楞格北部河口区下沉了面积为两百平方千米的面积.最近形成的Proval湾的深度是3米.
