i'm sorry i --- that you didn't understand what i said. now

要选B.
首先要理解这句的意思：我很抱歉我不知道你没有明白我（刚才）说的话,现在我试着再说一次（看你是否能明白）.
当说这句的时候,实际上“我”已经知道“你”刚才没有听懂“我”的话,也就是说,“我”不知道“你”没有听明白“我”说的话是“我”在说“I'm sorry……”这句话之前,“之前”这个时间已经过去,所以“我不知道你没有明白我的话”已经是发生在过去的事情,自然要用过去式.