这个问题主要涉及自然科学与哲学的关系问题,不容易回答,而且不同的哲学家和科学家可能有不同的回答,因为不同的人对哲学是什么、科学是什么的理解可能是不一样的.
我个人的理解是,哲学是追问最终根据的学问,无论是认识的最终根据（例如对因果性观念、基本物理概念的意义、数学基础的探讨）,世界存在的最终根据（例如传统形而上学中的上帝）,行动的最终根据（如道德、宗教和价值理论）,还是政权国家宪法的最终根据.
就自然科学来说,如果我们追问到底,就会发现自然科学,如物理学,是建立在一些预设上面的,也就是说,自然科学的一些最根本的原理是没有经过证明就被科学家当作理所当然的东西来使用,比如因果性概念（一切事件是按照必然的因果律发生,同一原因必定有同一结果）,还有牛顿基本定律.另外自然科学使用的最基本概念也是没有清楚得解释的,例如时间、空间、质量、引力、能量、光等等（那个科学家能够回答引力是什么?）.这些问题,一般科学家是不管的,他们也回答不了,因为这是哲学领域的问题了,当他们试图回答这些问题的时候,他们已经在从事哲学思考了.所以爱因斯坦不仅仅是个伟大的科学家,还是个了不起的哲学家.
因此,哲学为自然科学奠基,这样一种观念几乎贯穿整个西方哲学史.在古希腊时期,physics（广义的物理学,即自然科学）和metaphysics（形而上学,即狭义的哲学）虽然都属于广义的哲学或科学,但从亚里士多德开始,就开始闹分家了,形而上学作为第一哲学,是研究万物的最终根据,也就是第一因,或亚里士多德所说的不动的推动者.这个第一因,既然在本体论上是万物的原因、根据、始基,那么在认识论上,它当然也是要为物理学（即研究万物的学科）奠基了.笛卡尔以来,笛卡尔则形象地的把哲学（即形而上学）跟自然科学（即物理学）关系类比为树根与树干的关系.在笛卡尔看来,要是没有形而上学（第一哲学）,自然科学就是无根的、不稳固的、不确定的,换句话说,它的真理性最终是有疑问的,因而我们没有充分的理由去接受它.所以笛卡尔要去寻找一个绝对稳固的阿基米德点,作为人类认识的绝对确定的起点.众所周知,他找到了“我思”.他通过 “我思”确定“我”的存在,然后证明上帝的存在,从而确保了现象世界（自然世界）的客观性,这就为物理学合理存在打下基础；另外,他区分了两种实体,精神和物体,并把后者还原为同质的广延,这就为他把他的普遍数学方法应用到物理学研究奠定了形而上学基础.康德的哲学如何为牛顿物理学奠基就更清楚了.他的主要工作是通过对时空本性和范畴（比如最重要的因果范畴）作用的说明分别为数学和牛顿物理学奠定合法基础,如在《纯粹理性批判》和《自然科学的形而上学基础》所做的.之后胡塞尔的现象学的在这方面的努力基本上跟笛卡尔一样执着,甚至在某种意义上,分析哲学和实证主义都可以说是为科学寻找某种合法根基.
哲学与科学的这种密切联系,也说明了为什么科学革命时期的伟大科学家都或多或少是哲学家,甚至是大哲学家,因为当他们追问科学的根基时（如因果性,时空的本性,力、物质、能量等基本物理概念的本性）,实际上已经是在进行哲学思考.离开这种哲学思考,要提出革命性的科学理论是很难想象的.
所以,科学归根到底是离不开哲学的,任何一个科学家,不管对科学有什么样的理解,什么样的态度,最终都会求助某种哲学观点.
