种子植物包括裸子植物和被子植物两个亚门 1．裸子植物： 中国有裸子植物11科、42属、243种,其中药用种类有10科、27属、126种：包括13个变种、4个变型.目前,只有引进的南洋杉科中尚未见药用记载,其余各科均含药用植物. 裸子植物药用资源近80％的种属于针叶树种,其中最重要的是松科.中国有松科植物10属、113种、29变种,药用种数占40％.松属是个较大的属,含20种药用植物,主要有油松、马尾松、红松、白皮松和云南松等.本科其他属的主要药用种有冷杉、臭冷杉、油杉、落叶松、白扦、铁杉,以及中国特有的金钱松（土荆皮）和水松等. 柏科中中国有8属、29种、7变种,其中药用资源以圆柏属居多,共有10种,1变种,主要有圆柏、叉子圆柏和兴安圆柏,以及柏木、朝鲜崖柏、刺柏等.柏科的常用药材为侧柏和松花粉等. 三尖杉科中许多种都含抗癌活性物质,近年来颇受关注.中国有三尖杉科植物：属10种,均可药用,主要有三尖杉、中国粗榧、海南粗榧和台湾粗榧等. 红豆杉科中常用药材种为榧（榧子）,其他可供药用的有东北红豆杉.南方红豆杉（血榧）、云南红豆杉和穗花杉等.杉科和罗汉松科中的药用种较少,主要有罗汉松、百日青、杉木、柳杉及中国珍贵的子遗植物水杉等. 裸子植物的4个非针叶类型的科中,麻黄科的药用种最多,共有11种、3变种、1变型.其中,草麻黄、中麻黄和木贼麻黄为药典收载种,属于地方习用品的有丽江麻黄、山岭麻、单子麻黄、双穗麻黄和藏麻黄等.苏铁科药用资源主要有苏铁、华南苏铁等.买麻藤科主要是买麻藤和垂子买麻藤.银杏科仅银杏1种,目前野生种只残存于浙江天目山和云南东北部等局部地段,其他地区均为栽培. 2.被子植物 中国现存被子植物共226科、2946属、约25500种,其中药用种类有213科、1957属、10027种（含1063个种以下等级）.其中双子叶植物179科、1606属、8598种；单子叶植物34科、351属、1429种.根据恩格勒系统,分科统计列出各科中我国现有的属、种数及药用属、种数.被子植物各科的药用种数相差很大,最多达778种,最少仅含1种.其中,含100种以上的有33科,50一99种的19科,10一49种的72科,10种以下的88科.在33个药用大科中,双子叶植物有27个科,即菊科、豆科、唇形科、毛茛科、蔷薇科、伞形科、玄参科、茜草科、大戟科、虎耳草科、罂粟科、杜鹃花科、蓼科、报春花科、小檗科、荨麻科、苦苣苔科、樟科、五加科、萝摩科、桔梗科、龙胆科、葡萄科、忍冬科、马鞭草科和芸香科.单子叶植物有6个科,即百合科、兰科、禾本科、莎草科、天南星科和姜科.上述33科约占药用被子植物科数的16％,但所含药用种数却占了65％. 药用植物种数接近100种的科有卫矛科（99）,夹竹桃科（95）和葫芦科（92）.种数较多的科还有茄科（84）、木犀科（81）、鼠李科（77）、十字花科（77）、爵床科（71）、紫金牛科（72）、景天科（68）、茶科（66）、防己科（64）、马兜铃科（62）和紫草科（62）、堇菜科62）等. 药用大科所集中的种数主要体现在一些较大的属.被子植物中含50种以上药用资源的属有乌头属（103）、紫堇属（86）、铁线莲属（85）蓼属（81）、蒿属（72）、小檗属(70）、马先蒿属（67）、杜鹃花属（65）、悬钩子属（62）、凤毛菊属（58）、卫矛属（57）、珍珠菜属（56）、鼠尾草属（53）、龙胆属（52）和贝母属（50）.这15个属隶属于12个科,仅占各科药用总属数的3％,而所含药用种数却达30％. 药用种数接近50种的属有大戟属（49）、报春花属（48）和紫金牛属（46）.含30一49种的属有蔷薇属（44）、唐松草属（44）、忍冬属（44）、翠雀属（43）、黄芩属（43）、荚蒾属（42）、天南星属（42）、猕猴桃属（41）、柴胡属（41）,委陵菜属（40）、橐吾属（37）、石斛属（36）、苔草属（35）、马兜铃属（35）、百合属（34）、沙参属（36）、党参属（34）、紫菀属（34）、香茶菜属（33）.山姜属（32）、紫珠属（31）、鸢尾属（31）、香薷属（31）、冷水花属（31）、鹅绒藤属（30）、银莲花属（30）和花椒属（30）. 药用种数在20－29种以上的有71个属,较重要的有细辛属、木兰属、五加属、紫云英属、远志属、砂仁属、当归属、蝇子草属、葱属、重楼属、栝楼属、酋草属和千金藤属等. 中国种子植物不仅种类丰富,而且有许多特有种属.据统计,中国种子植物有196个特有属,其中,被子植物有190个（裸子植物仅6个）,含药用资源的有60余属,如明党参属.羌活属.川木香属.知母属、地构叶属、通脱木属、杜仲属、枳属、喜树属、珙桐属、香果树属、独叶草属和太行花属等.
