神圣罗马帝国疆界为何和普鲁士以及哈布斯堡帝国的疆界不一致?其疆界划分的原则是什么?

普鲁士本身不是帝国的领土.是帝国的勃兰登堡选帝侯继承了普鲁士公国,普鲁士地区才被纳入勃兰登堡-普鲁士之中,形成共主邦联的形式；后来这个国家才升格为王国.
欧洲在中世纪至近代以前十分注重继承的合法性.当一个国家通过战争、联姻、继承等方式获取一块领土时,君主通常会选择在很长的一段时间内继承这一地区的领主头衔,以保证自身的统治合法性.因此勃兰登堡选帝侯在继承普鲁士之后是不会直接合并两个国家的,而是同时作为勃兰登堡选帝侯和普鲁士大公存在.所以如果你去翻一下欧洲那段时间的君主头衔,会看到后面大多有很长的一段,都是各种继承后的头衔残留.这样被兼并的国家在名义上就不算是灭亡了,无论贵族、民众的反抗就比较弱,利于君主统治.这种共主邦联的形式在当时的欧洲非常常见.
匈牙利就更是这种情况的典型了.匈牙利本身都不是日耳曼族的,所以哈布斯堡家族在获得匈牙利国王的头衔之后实际上还是很不稳定的,直到最后的奥匈帝国时期还不得不同时戴着奥地利皇帝和匈牙利国王的头衔.如果哈布斯堡家族敢直接合并两个国家,取消匈牙利国王的王号,就相当于灭了匈牙利,匈牙利人肯定要反抗的.同理还有苏格兰、威尔士、挪威、芬兰等等.
而在帝国这里,帝国诸侯来源于皇帝的册封.皇帝册封的是勃兰登堡选帝侯和奥地利大公,不是普鲁士大公和匈牙利国王.所以算在帝国境内的只能是勃兰登堡选侯国和奥地利公国的领土,普鲁士公国和匈牙利王国的领土自然不算在帝国境内.共主邦联在法理上依旧是两个国家,很多时候还是要分清楚的.