清朝盛期,康熙大帝对台湾的策略又改为招抚,从此就开始长达十几年的议和谈判,但始终没有结果.公元1681年(康熙二十年)清廷乘郑经病卒、其子郑克?年幼初立和台湾本土出现内讧之际,康熙大帝决定发兵统一台湾.康熙二十一年夏,康熙大帝排除朝廷内种种干扰,命降将施琅为福建水师总提督,与福建总督姚启圣同筹谋取台湾之策略.两位受命后,积极整顿军务,制造战舰,练兵选将,同时派人侦察敌情,探测航道.
公元1683年(康熙二十二年)六月十四日,施琅率领清军水师2万余人、各种战舰二百多艘,直逼澎湖.各战舰的风帆上均书写主将姓名,有便于指挥联络.郑守军有了二百多艘战舰和近两万人的军队,数量上与清军旗鼓相当.六月二十二日,清军强攻澎湖本岛,施琅将水师兵分三路,以总兵陈蟒和董义为左右翼,各率战舰五十艘,分别进攻鸡笼屿和牛心湾,以作牵制；施琅自率战舰百余艘为中路直攻娘妈宫(今澎湖本岛西北角).清军奋勇大战,击毁郑军战舰一百九十艘,歼灭郑军主力一万二千余人,迫使郑军四千二百余人投降.郑军主帅刘国轩见大势已去,狼狈的只带剩下战船二三十艘,残军数百人,狼狈逃回台湾本岛.台湾内部震动,刘国轩力主投降,康熙大帝乘胜降旨招降.七月十五日,台湾地方当局派人献上地图名册和投降书.八月十三日,施琅率清军登陆台湾岛.后清廷纳用施琅建策,在台湾设县、府、巡道,派军驻守,加强统治.从此结束了由郑成功起历经郑氏家族三代为期二十余年的偏安局面.康熙大帝终于实现了台湾与祖国大陆统一的盛世.
