我2012年4月1入职公司,2013年5月20号休年假.公司说可以休,但是假如你今年离职的话要扣出这5天的工资.除非要我

您陈述的时间似乎有些问题.先休年假了,到离职的时候如果扣工资再去劳动局投诉了.您既然还没打算离职就不用担心那么远,劳动者的合法权益受法律保护,不是公司说的就算数.您真要离职提前一个月通知公司就可以了.
再问： 就是说2012年4月1日到2013年4月1日做满一年，2013年5月份休完年假后，2013年11月离职。公司还扣5天年假工资。这样合理吗？
再答： 不合理，您可以去劳动局投诉请求处理。