【白暨豚】隶属于鲸目,齿鲸亚目,淡水豚科,是世界上稀有的珍贵水生哺乳动物,仅产于长江中下游,1987～1990年调查,种群数量约200头,属国家1级保护动物,列为世界濒危动物.白暨豚声纳系统发达,对仿生学、动物声学和军事科学等应用科学的研究有一定的参考价值.1987年国家在湖北石首长江天鹅洲故道建立白暨豚半自然保护区. 【江豚】俗称江猪,隶属于鲸目,鼠海豚科,是一种分布较广的小型豚类,长江、珠江、鸭绿江及沿海均有有分布,下游为其主要聚居地.1984～1991年调查,种群数量约2700头.江豚是一种近岸活动的豚类,常出没于支流、湖泊与长江交汇处,或洲滩下首及河弯的缓流区.江豚被列为国家2级保护动物. 【自鲟】隶属于鲟形目,匙吻鲟科,淡水珍稀鱼类.世界上匙吻鲟科鱼类仅2属2种：一种是美国密西西比河产的匙吻鲟；另一种是主要分布在长江的白鲟.白鲟身长可达7m,长度为淡水鱼类之冠.在研究鱼类起源、演化和地理分布上,有重要的科学价值,亦有一定的经济价值,已列为国家1级保护鱼类. 【中华鲟】隶属于鲟形目,鲟科,鲟属,长江的大型经济鱼类.本属鱼类在我国有6种,长江上有2种,即中华鳄和达氏鲟.中华鳄是湖河洄游性鱼,在海洋里生长,黄海、东海和南海北部都可见到,成熟后到江河内繁殖.其体型硕大,最大体重达680kg.中华鲟是鲟属鱼类中分布纬度最低的一个种,具有重要的学术研究价值.1980年10月兴建葛洲坝工程,长江截流后,中华鲟已不能上溯到四川境内繁殖.长江葛洲坝中华鲟研究所开展中华鲟人工繁殖育苗研究,进行增殖放流,葛洲坝下游形成了新的中华鲟产卵场,每年都有亲鲟进行自然繁殖.中华鲟已列为国家1级保护鱼类. 【达氏鲟】又名长江鲟,是一种较大型淡水经济鱼类,主要生活在长江上游,偶而见于中游,是一种定居淡水的鲟.最大体重30余kg.目前其种群数量显着减少,可以作为长江三峡水库及其他大型水体的增养殖对象.重庆市水产研究所对达氏鲟人工繁殖研究已获成果.达氏鲟被列为国家1级保护鱼类. 【胭脂鱼】隶属于鲤形目,亚日鱼科,是长江上游重要经济鱼类之一.我国的亚口鱼科仅1属回种,即胭脂鱼.胭脂鱼每年3～4月上溯到金沙江、纸江和嘉陵江等急流石滩产卵繁殖,一部分幼鱼顺流而下,在长江中.下游于流中生活,偶有进入湖泊.曾捕到的胭脂鱼,最大体重约30kg.胭脂鱼被列为国家Z级保护鱼类. 【川陕哲罗鲑】冷水性鱼类.我国的蛙科鱼类有8属17种和亚种,主要分布在北方,长江上游仅1属1种,即川陕哲罗鲑,是哲罗鱼属中分市纬度最低的一种.在研究动物地理学、鱼类系统发育与气候变化等方面,川陕哲罗鲑具有重要的学术价值.20世纪60年代前在四川西部及陕西太白山南麓的西太白河上游（汉江支流）分布较广泛,由于人为肆意捕杀,目前四川的汉川、茂县、峨边、大川河及天全河等已不见这种鱼的踪迹,现分布区仅剩大渡河河源江段（四川阿坝地区、青海班玛、陕西西太白河上游）.川陕哲罗鲑已列为国家2级保护鱼类. 【扬子鳄】古称"鼍",属爬行纲,鳄科,鼍亚科、鼍属.本属动物世界上仅有2种：一种是长江的扬子鳄；另一种是仅见于美国东南部的密河鳄.扬子鳄分布在长江下游安徽南陵、郎溪、广德、任县、宣州等市县和浙江的长兴、安吉,具有很高的科研价值及经济价值,为国家1级保护动物,列为世界濒危、禁运种类.国家已在安徽宣州建立扬子鳄自然保护区,浙江民兴、安吉也建有自然保护区,采用自然受精人工孵化技术.目前自然保护区内野生及人工繁殖的扬子鳄已有约2000条. 【大鲵】俗称"娃娃鱼",是我国约30种有尾两栖类中体型最大的一种,最大体重约70kg,是世界珍稀的两栖动物.栖息于海拔160～800m的山涧峡谷河道中,适应水温10～28℃,在生物进化研究及营养、药用上具有重要科研价值.由于在自然条件下繁殖率低,生长缓慢,加上人类大量捕捉,巳危及物种的生存,被列为国家2级保护动物. 此外,在长江流域两栖动物中,还有一些物种,数量已极少,并且分布区极为狭窄,被列为国家2级保护动物的有：细痣疣螺、贵州疣螈、大凉疣螈和虎纹蛙.
