Therefore ,China and Greece,where there were some important

首先,可以告诉你,这个句子语法上是错误的.
不知道你想写的是1个句子还是2个句子.你用where引导从句,但是后面却有it这个主语,前面已经有主语了,所以肯定是不正确的.
而且用词方面,我不敢说错吧,但是表达好像不太准确.至少我是没看懂这句话意思,你是不是想说：所以,在5000年前,中国和希腊开始出现重要的文明,人口也由此有所上升,达到每年增长139000人的速度.（我中文不太好,见谅）
如果是这个意思,你可以修改为：
therefore,some important civilizations were built by the time of 5000 B.C in China and Greece,which had boosted the population at the speed of 139,000 people per year.