病毒进入宿主细胞后复制,为何制作的大量蛋白质以及核酸又能组合在一起形成新病毒.

你这个问题有点类似于先有鸡还是有蛋.“病毒进入宿主细胞后”,这个病毒哪来的,也是在宿主细胞中组装的,病毒的蛋白和核酸经过长期进化,能够进行自组装,当然自组装的机制也是符合基本的物理定律,比如电荷作用,疏水作用等等
再问： 能让病毒的蛋白和核酸组合不了么
再答： 有许多药物（某些干扰素等）就是基于此来抗病毒的，而且这也是研发新药的切入点之一。
再问： 为什么对艾滋病病毒没用呢
再答： 不要说没有，是目前还没有设计出很有效的药物，针对艾滋病病毒的组装设计药物，科学界早就在探索了。一个小分子要成药，它的药效要好，而且不干扰机体正常功能，所以一个新药的产生要进行数十年的实验，要进行动物实验，人的一期、二期、三期临床实验，要跟踪患者多年以评价没有副作用等等----这方面如果感兴趣可一看：HIV-1: Viral assembly inhibitors on the horizon，http://www.signaling-gateway.org/update/updates/200509/nrd1834.html