清代的话一开始主要是理藩院,掌管蒙古、新疆、西藏等地少数民族事务的中央机构.皇太极天聪五年(1631),漠南东部蒙古诸部先后归顺清朝,同年七月,皇太极设立吏、户、礼、兵,刑、工六部,各部均设蒙古承政一员,负责处理有关蒙古事务.崇德元年(1636),漠南蒙古诸部均归顺清朝.皇太极设立蒙古承政,俗称蒙古衙门,负责处理蒙古事务.三年改为理藩院.蒙古衙门初设时,官只二等,有承政三、四员,其余皆为参政.崇德三年(1638)七月改为承政一员,左右参政各一员,副理事官八员,启心郎一员.顺治元年(1644)改承政为尚书,参政为侍郎,井扩充机构,增加人员,顺治十八年(1661)八月,复将理藩院升格,使之与中央六部同等,内设录勋司、宾客司、柔远司、理刑司.康熙四十年 (1701)划柔远为二,曰前司和后司.乾隆二十二年(1757)改录勋司为典属司,宾客司为王会司,柔远后司为旗籍司,柔远前司仍为柔远司．乾隆二十六年(1761)又增设徕远司,专司四部事务.理藩院长官只有蒙、满缺,大事则上奏,小事则自行.理藩院的组织机构大体分为中枢机构、直属机构、附属机构、派出机构.其中中枢机构包括尚书、侍郎、额外侍郎等,尚书、侍郎可参与清王朝军国大事,掌蒙古、新疆、西藏等地少数民族的行政、立法、军事政令.直属机构包括旗籍司,王会司、典属司,柔远司、徕远司、理刑司以及司务厅、银库等.旗籍司承办内札萨克及内属部的疆理、封爵、谱系、会盟、赈济.王会司承办内札萨克六盟王公、台青、公主,额附等年班、进贡、给奉、燕赉等事,柔远司承办外札萨克蒙古汗、王、台吉、呼图克图喇嘛的年班、进贡、给奉、燕赉等事.典属司承办外札萨克各游牧疆界、封爵、会盟、驿递,边贸、屯戍并稽游牧内属者.徕远司承办回部札萨克、伯克岁贡,年班等事.理刑司承办外藩蒙古及回部的刑罚,制定蒙古律条,审决重大案件.理藩院的附属机构包括稽察内馆、外馆、木兰围场、喇嘛印务处、则例馆等.各地均有理藩院的派出机构与司员.乌兰哈达、三座塔、神木、宁夏等处派驻司员各1人,分驻塔子沟笔贴式1人,主管蒙古人诉讼之事.察哈尔游牧处理事员外郎16入主管察哈尔民众诉讼之事.张家口、喜峰口、独石口、余虎口、古北口等处,驻扎司官和笔帖式各1人,主管蒙古邮驿政令.围场总管1人(康熙四十五年置.乾隆十四年始隶理藩院,嘉庆七年改热河都统),左、右翼长各1人,章京、骁骑校各8人,主守木兰围场,专司巡察.同时,清政府在各地特设的将军、都统、大臣协助理藩院派出官员管理蒙古地区的贸易、征税、台站、卡伦、屯田和边防等请项事务.光绪三十二年(1906),理藩院改为理藩部,但内部组织并无变更.在巩固清朝对全国少数民族的统治上,理藩院起了重要作用.辛亥革命后,改名为“蒙藏事务局”.清后期主要是总理各国事务衙门,也就是一般称得总理衙门,是清朝为了办理洋务和外交事务,于1861年1月20日（清咸丰十年十二月十日）在北京设立了总理各国事务衙门（简称“总理衙门”、“总署”、“译署”）,任命恭亲王奕讥为总理各国事务衙门的首席大臣,它的职责是：办理外交事务,派出驻各国的公使,兼管通商、海关、海防、订购军火,主办同文馆和派遣留学生等项事务,并管辖三口通商大臣（1870年改为北洋通商大臣）和五口通商大商（1866年改为南洋通商大臣）.又任命大学士桂良、户部侍郎文祥为总理衙门大臣,命崇厚为牛庄、登州、天津三口通商大臣,命钦差大臣江苏巡抚薛焕兼办上海等处通商事务.总理衙门成为凌驾于六部之上的重要决策机构.
