Now he found it was----- that had taken the Italian's watch.

他发现是他自己拿了那个表.
所以言外之意可能是他以前怀疑是别人拿了,所以这里用强调结构it was ...that强调是“他自己”.
再看句子结构,found后面是一个宾语从句,it was开头,后面宾语从句又是一个强调结构,我们把强调结构拆掉后这个句子要有主语,男的主语只能是he,反身代词himself不能做主语.
所以,又要满足后面从句有主语he,又想强调是“他自己”,那就只有A选项了.