投降清朝
顺治三年（1646年）,郑芝龙见局面不利,不打算支持南明隆武帝,遂与清朝洽商投降事宜,仅带心腹从人北上降清,其子郑成功劝止郑芝龙未果,遂至孔庙哭庙、焚儒服,后率部出海,继续反清.同年,清军攻克福建,擒隆武帝朱聿键,杨凤苞称“福京之亡,亡于郑芝龙之通款”. 而投降清军的郑芝龙,却遭到南征主帅贝勒博洛的背约,移送到京师.芝龙被编入汉军正红旗,顺治五年（1648年）八月,以归顺封一等精奇尼哈番.顺治十年（1653年）五月,晋封同安侯.为安抚郑成功,清朝对投降的郑芝龙优待有加,芝龙数次奉令命郑成功归顺,郑成功均坚辞不受. 顺治十二年（1655年）,郑芝龙被弹劾纵子叛国,乃削爵下狱,顺治十四年（1657年）,原明郑将领,提督黄梧上疏,力主叛臣之家族应当逐出帝都,乃被命充军盛京宁古塔（今黑龙江省牡丹江市）,唯未果行. 顺治十七年（1660年）,福建巡抚佟国器截获郑芝龙与郑成功私信,议政王大臣会议遂以“通海”罪名拟定将郑氏斩监候,改为流徙宁古塔.
