飞船变轨前后机械能守恒吗

可以.你想啊,飞船在不同高度轨道上飞行时,计算一下就知道机械能（引力引起的势能加上动能）是不一样的.
太空也不完全是真空吧,只是离地球较远的区域空气稀薄,离地球较近的话空气相对稠密一些.我听说飞船还得时不时地调整一下呢,就是因为空气阻力对轨道有影响.