如果A基因发生突变,但是突变后的基因与原来的基因控制的性状相同能说是原来基因的等位基因吗

搞清楚等位基因的概念：等位基因是在染色体位置相同而序列不同的基因.
本来是A/A纯合,突变后变成a/A,a与A是等位基因.
a与A控制的性状相同,这种突变是同义突变或者是中性突变,突变后的基因和原来的基因是不同的,但是其在染色体上的位置是相同的.
再问： 那等位基因岂不是控制的性状可以是相同的如A a都控制玉米的高茎
再答： 对，等位基因，只是指其在染色体上的位置相同，而孟德尔做豌豆实验时只是恰好有红花、白花两种不同表现型的等位基因，因此可以通过表型观察等位基因的分离和自由组合。 实际上还有很多基因是中性突变的结果，即突变后的基因功能上没什么大的变化的。