关于基因进化树的构建我已知一个基因ul*的序列,想建立它的进化树!我想问一下,我在Genebank上搜索是用ul*来进行

ClustalX是比对的软件,谁告诉你它是可以用来建树?
建树么国内用mega比较多,国外phylip比较多,参数如果有文献可以参考就用人家的参数,如果没有就自己去花力气分析分析用什么参数.关键是选择什么method和model
序列可以用全基因组的,也可以用相关的同源序列,因为比对的时候其实就已经自行寻找同源部分.但是如果你用全基因组序列,会使得数据处理量大大增加,使运算耗费更长时间,是尽量避免的,而且如果是用于文献的话,你这样也是拿不出手的,完全就是跟人家说我是偷懒,懒得整理数据.