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解题思路： 基因突变是指DNA中碱基对的增添、缺失和替换，基因突变不一定会引起生物性状的改变．密码子具有简并性和通用性．减数第一次分裂后期，等位基因随着同源染色体的分开而分离，非同源染色体上的非等位基因自由组合．
解题过程：
解： A、基因突变是指碱基对的增添、缺失或替换，A正确；
B、由于密码子的简并性等原因，基因突变后不一定会引起氨基酸序列的改变，因此基因B₁和B₂编码的蛋白质可以相同，也可以不同，B正确；
C、自然界中所有生物共用一套遗传密码，C正确；
D、减数分裂形成配子时，等位基因随着同源染色体的分开而分离，因此基因B₁和B₂可同时存在于同一个体细胞中，但不会存在于同一个配子中，D错误．

最终答案：D